En el año de 1991 “Cortuluá” inicia su participación en la naciente Copa “Concasa” que concedía al ganador el cupo a participar en la rama profesional, tras una  modesta actuación al año siguiente bajo la batuta técnica del profesor Finot Castaño el equipo mejora notablemente su rendimiento lo que ponía a soñar la tímida afición,  pero fue en la tercer temporada, el 12 de diciembre de 1993 que el equipo dirigido por el experimentado técnico Humberto “El Tucho” Ortiz se alzó en la ciudad de Palmira con el ansiado título: Cortuluá ascendía a la rama profesional, entraba a ser parte de la  División “A” del Fútbol Profesional Colombiano…

“Cortuluá” inicia su participación en el año 1994 enfrentando a los tradicionales equipos del rentado profesional y llevando alegría a las tribunas del “Doce de Octubre” de una creciente  afición que de manera rápida empezó a valorar los colores institucionales inspirados en la bandera de la ciudad; tras varios años de insistencia deportiva defendiendo la  categoría se formaron y consolidaron diversos jugadores, los de la tierra: Adelmo Vallecilla, Óscar Díaz Asprilla, Carlos Andrés Rodas, Angelmiro Escobar, Diego Fernando “El Atho” Saclemente, los hermanos Ángelo y Libardo Carvajal entre otros;  se promovieron jóvenes futbolistas que con su talento han volado lejos: Gustavo Victoria, Rubiel Quintana, Milton Rodríguez y el internacional Mario Alberto Yepes quienes recibieron  el acompañamiento y buen consejo de reconocidas figuras del orden nacional: Álvaro Aponte, Rafael Méndez, Manuel Acisclo Córdoba, Armando “El Piripi” Osma, Jorge Rayo, David “La Cachaza” Hernández, Néstor Salazar y los internacionales “Chilenos” Carlos Mariano Molina y  Elías Escalona, brasileros que se hicieron figura como Rogeiro Da Silva y Rogeiro Pereyra, el argentino Luis Nolberto Sossa, el uruguayo Carlos Arias, el mundialista paraguayo Jorge Amado “El Cenizo” Nunez y el también mundialista boliviano Álvaro Peña, nombres que dejaron huella en una institución que cada día fue consolidando su proyecto deportivo y social…

Pasaron siete años en la Primera división para que El Equipo Corazón ganara el Torneo Apertura del año 2001, para así obtener automáticamente el tiquete para la Copa Libertadores 2002. Con sólo siete temporadas y media en Primera división, el cuadro dirigido por Óscar Héctor Quintabani escribió una página gloriosa, la más destacada de su corta trayectoria.

Al clasificar a la Copa Libertadores 2002, el Cortuluá rompió en dos la historia del fútbol colombiano. Es el primer equipo que, ascendió de la Categoría Primera B, sin antes haber jugado en la Categoría Primera A, obtuvo su pasaporte al torneo continental. En su primera y única participación en la Copa Libertadores, no pasó la primera fase, donde su única victoria fue ante Talleres de Córdoba (Argentina).

En  Cortuluá militaron jugadores de gran trayectoria profesional como Rafael Dudamel, Rubiel Quintana, Leonardo Mina Polo, Víctor Bonilla, Márcio Cruz, y Faustino Asprilla, jugador insignia de la región tulueña.

Luego de perder la categoría en 2004, tras fallar en la lucha por no descender con el Bogotá Chicó, Cortuluá jugó de nuevo en la Categoría Primera B del fútbol colombiano. durante cinco años.

En el año 2009, Cortuluá clasificó a la final del Torneo Apertura, superando en el Grupo A de los cuadrangulares semifinales al Deportes Palmira, al Deportivo Rionegro y al Atlético Bucaramanga. En la instancia definitiva, Cortuluá derrotó 3-1 en el partido de ida al Itagüí Ditaires, en Tuluá. El partido de vuelta disputado en Ditaires lo ganó el club antioqueño 2-0, y en la definición por penales Cortuluá se impuso 6-5, ganando así el Torneo Apertura, y adquiriendo el derecho de jugar la final del año por el ascenso directo.

En la serie definitiva, el onceno tulueño se impuso en un marcador global de 4-1 sobre Atlético Bucaramanga, primero imponiéndose con un contundente 3-0 en el Estadio Doce de Octubre y luego empatando 1-1 en Bucaramanga. De esta forma, los orientados por Fernando Velasco conquistaron el título del año y ganaron el derecho a jugar en la temporada 2010 de nuevo en la Primera A.

Su primer partido en la Categoría Primera  A después de 6 años fue contra el Boyacá Chicó, que terminó con marcador adverso para los tulueños por 1-2.

Con una plantilla de destacados jugadores Sub 20, y de la mano del director técnico y exjugador de Nuestro Club Hilario Cuenú, el Equipo Corazón se coronó campeón Nacional Sub 20, enfrentando en la final al Huila al que derrotó con un marcador global 2-1, con goles de Carlos Ibarguen y Heinsen Izquierdo.

Al equipo campeón del Campeonato Juvenil Sub-20 de fútbol se le otorgó un cupo a la Copa Libertadores 2016, Categoría Sub-20, evento organizado por la Confederación Sudamericana de Fútbol, campeonato al que Cortuluá asistió.

En el sorteo de la fase de grupos, Cortuluá se ubicó en el grupo C junto con River Plate (Argentina), Deportivo la Guaira (Venezuela), y Huachipato (Chile), logrando clasificarse en la primera posición del grupo producto de dos partidos ganados y uno perdido.

En la Segunda Fase, los tulueños se midieron ante Liverpool (Uruguay) con el que cayó 1-0,  en la disputa por la tercera posición del certamen Continental El Equipo Corazón derrotó a Lanús (Argentina)  1-0,  siendo el tercer mejor equipo del Continente.

La nómina:

Daniel Rodríguez, Manuel Arias, Juan Bolaños, Milton Palacios, Juan Carabalí, Jonás López, Jeison Angulo, Luis Caicedo, Andrés Escobar, José Palacios, Kevin Rojas, Heisen Izquierdo, Duvan Ramírez, Víctor Buritica, Juan Millán, Duván Sevillano, Juan Valencia,  Yeison Moreno, Óscar Camilo, Néider Batalla

El 21 de enero de 2015 logra el ascenso a la Primera división del fútbol Colombiano, por medio de los cuadrangulares especiales de ascenso luego de empatar cero a cero con el Unión Magdalena. Cortuluá después de cinco años y de la mano del técnico Jaime de la Pava regresa a la Primera división del Fútbol Profesional colombiano.

En el Torneo Apertura con refuerzos inmejorables como Miguel Borja quien rompió el récord de más goles en torneos cortos con 19 goles y el veterano Mayer Candelo logra llegar hasta semifinales quedando 3-3 con el Independiente Medellín y ser derrotado en la tanda de penaltis (7) a (8) cobrado por los 11 jugadores de cada equipo, el equipo dejó atrás grandes como Santa Fe, Deportivo Cali, Atlético Nacional, Millonarios, entre otros.